1、设立的主体不同
博士后科研流动站：高等院校和科研院所申请设立的。
博士后科研工作站：企业、从事科学研究和技术开发的事业单位、省级以上高新技术开发区、经济技术开发区和留学人员创业园区所申请设立的。
2、具备的条件不同
博士后科研流动站：具有授予博士学位的学科、专业和一定数量的博士生指导教师，并已培养出取得博士学位的人员；具有较强的科研实力和较高的学术水平，承担着高水平的研究项目，科研工作处于国内前列。
博士后科研工作站：具有国家级企业技术中心或健全的研究与开发机构，有高水平的科技人员队伍和高水平的科研项目。
招收办法：
1、人事部、全国博士后管委会根据国家发展战略按年度下达向各流动站单位招收博士后研究人员的国家资助计划（资助标准为每人两年10万元人民币）和国家重点资助招收博士后研究人员的计划（资助标准为每人两年16万元人民币），此种招收模式为国家资助招收和重点资助招收。
2、各设站单位应根据本单位研究工作需要和经费来源（国家资助、各类基金资助、社会赞助、研究项目经费以及单位自筹）等情况，在批准的范围内设置博士后岗位，并确定招收博士后研究人员的具体条件，面向社会予以公布，此种招收模式为自筹经费招收。
3、符合设立流动站、工作站条件的未设站单位（以下称非设站单位）可以招收留学博士（系指在国外获得博士学位或在国外获长期居留证的博士）回国从事博士后研究工作或依托国家重大科研项目招收博士后研究人员，此种招收模式为留学非设站招收。
4、非设站单位依托国家重大科研项目招收博士后研究人员，需先按《关于以国家重大科技项目为依托招收博士后的报批及管理办法》，向全国博管办申报，经批准后，方可进行招收工作，此种招收模式为项目博士后招收。
以上内容参考：百度百科-博士后科研工作站、百度百科-博士后科研流动站
