如果本科专业和在职考研专业不一样会影响研究生学历认证吗？

是可以跨专业去考，不会有任何影响的。但是某些专业报考是有的限制的。
首先是同等学力申硕：报考的专业都可以跨考，无论你之前是学到什么专业，只要是想读研提升，只要院校招生，基本就没有限制跨专业。但有些专业是存在跨专业限制的，比如跨考医学类专业，它们的报考是需要本科及在职工作是医学相关专业才行，所以报考的时候要注意
然后是非全日制研究生：如果报考非全日制研究生的话，跨专业报考限制挺大的，它是需要你报考的专业相近或临近专业才可以。简单来说的话，其实就是初试、复试科目考试相同的专业才允许跨考或调剂。例如法律类专业，又或者是医学类专业等专业性特别强的，这些都需要专业基础才可以报考。所以，报考是可以跨专业来报考的，但是哪些专业不能跨专业报考是挺重要的。