吉林农业大学管理学硕士可以申请本校博士吗

可以。
硕士跨专业考博是可以的，不过难度较大。
1、从报考的角度来说，只要你想报考的院校的该专业并没有对硕士专业限制，你就可以考博，具体情况可以咨询学校招生办。
2、从自身角度来说，跨专业报考存在较大难度，博士研究生毕竟是研究型的一个阶段，与硕士阶段不同的专业会给你的博士专业课考试及后续的学术研究带来不少麻烦，但如果你有实力和信心，那么跨专业考博士完全没有问题。