EMBA回国能申请教育部国外学历认证吗

可以的。
上海国外学历认证流程如下：
一、首先在教育部留学服务中心国(境)外学历学位认证申请系统注册缴费
其次选择办理学位认证的地点，上海有两处：
1）上海教育国际交流协会
2）上海市回国留学人员服务中心
二、准备认证材料;
1----二寸照片一张（白蓝底均可）
2----学位证书和成绩单原件及复印件
3----学位证和成绩单翻译件，此处说明一下要找有资质的翻译公司才可以（博雅翻译，位于上海市回国留学人员服务中心认证点路口斜对面，提供专业的国外学历翻译服务，汉中路地铁站1号口，可乘坐地铁1号线、12号线和13号线。）
4----护照原件和复印件，需要复印的是护照的首尾页和留学期间的所有签证页，期间去其他国家玩耍的签证也是需要复印的
5----授权声明
切记必须全部由本人填写，最上面的中文填中文名字，工作人员留空，不要擅自改动模板任何一个字。下面英文填名字拼音和护照一致。
三、最后准备工作已经完成，就带这些资料去递交就可以了，会查验护照，毕业证和成绩单原件。

可以，提供相关材料到教育部留学服务认证即可。