论述不严谨、不充分，推理不严密。即论文论证缺乏严密性，论述单薄，没有根据论题进行充分论述与阐释；存在逻辑上的缺陷或逻辑混乱，造成论文内容前后矛盾或有漏洞，致使读者无法准确把握作者的研究思路和研究过程，研究结论的可靠性也将受到质疑。
研究重点不突出。即论文论述没有突出研究重点，缺乏问题意识，研究问题不明确，对论文观点缺乏提炼等。专家评语如“缺乏严密的逻辑推导。
研究方法单一或不恰当。即由于论文选用研究方法较少，实验设计不科学，未使用该论题学科领域的研究方法和分析手段等原因，没有运用正确的方法对研究对象进行客观研究，体现不出作者的专业水平和研究能力，从而影响结论的有效性和可靠性。
对学术型硕士研究生而言，科研能力是衡量硕士研究生教育成效的重要指标，而作为教育成果集中体现的学位论文，其所反映出的科研能力的强弱，可以作为判断硕士研究生教育质量的重要因素。作者科研能力不足，是“不合格论文”中存在的最严重的问题，占比为38%。从学科门类来看，这一问题在人文社科类论文中比自然科学类论文更为严重。
学科基础知识的系统性和扎实性不足即作者掌握的学科基础知识不扎实、不系统，学科基础知识薄弱，甚至出现一些常识性的错误。专家评语如“对于学科知识的掌握、运用马克思主义基本原理分析现实问题的理论思维能力、论文的理论深度以及专业的理论基础有待加强。（哲学）”“对经济学理论知识，体育产业基本理论概念、原理及研究方法缺乏最基本的了解和掌握，不具备体育产业研究的理论基础和能力。
文不对题。即论述不能很好地切合论题，甚至跑题、偏题。概念界定不清晰。即对论文中的核心概念或关键词的界定不清晰，导致论述不清或研究内容不明确。
论文结构不严谨，论文结构是论文的脉络框架，只有建构好科学的框架体系，再充实以相应的研究内容，才能形成一篇较为规范的学术论文。论文结构的严谨性，是指论文各个章节之间存在明确的逻辑关系，论文结构安排合理。
样本选取的科学性不足。即论文在调查阶段选取样本的科学性和典型性不足，抽样方法不科学；样本量不足，难以代表研究对象的整体情况。专家评语如“文章研究工具缺乏，研究手段单一，除了描述性的资料或数据外，难以看到作者的一手资料和具体的研究工作。
