复旦计算机学院的“计算机软件与理论”硕士毕业后学位证是哪种呢？

问我吧，你知道我是谁。。。XXX

目前计算机学院一级学科计算机科学与技术下属的计算机系统结构、计算机软件与理论以及计算机应用技术这三个二级学科方向目前大部分都是授予工学学位，尤其是计算机系统结构和计算机软件与理论一般都授予工学硕士，计算机应用技术专业有少部分是工程硕士
一般软件学院授予的很大部分是工程硕士学位，你要工程硕士的话可以咨询一下复旦大学的软件学院

如果是统招的工学硕士，就是工学硕士学位。
如果是专业硕士，或者工程硕士，就是工程硕士学位

取决于你被录时是读哪种学位。