首先 需要您的日语能力，也就是你应该过日本语能力考试一级。在日本博士课程被称为博士后期课程，应该是念3年。
找导师，如果你对自己的水平不是很有把握的话，我建议你找中介，让中介帮忙。如果您的日语水平不错的话，可以通过向导师写推荐信（最好是电邮）的方式进行联络，如果你的研究分野和他的研究分野正好相似，他还想要你作他的学生，这样就好办了，你们通过发送电子邮件等方式进行联系，他会把去留学的详细的手续和步骤告诉您，您按导师说的做就没错了。那么选择导师呢您可以参考下面这个网站，这是日本最全的研究者搜索网站，一定有和你研究分野一样的导师。
至于你说的哪个大学好的问题的确有点难。因为你得考虑自身的能力，谁都想上好的大学但是不是每个人都能考上的。总体而言日本国立大学都还可以学科也都很齐全学费也很便宜但是就业情况没有私立大学好。日本私立大学众多有一些私大是非常优秀的在日本企业界很受欢迎。但也有不少私大，规模很小学科很少还是建议不要去这样的大学。
日本私立大学里有“早庆上智”“关关同立”之说，分别指关东的早稻田大学、庆应大学、上智大学，关西的关西大学、关西学院、同志社大学、立命馆大学。个人认为都是不错的大学但是上述的7所大学学费很贵，如果你负担不起的话还是建议去国立大学。
1 找导师的话 到各学校的网站上找 要是没有的话 就发邮件给学校的事务室 说明用意 让学校告诉你
2 日本大学好得多了 你得找和你专业对应的呀
综合排名的话 东京大学 大阪大学 九州大学 北海道大学 都很不错的
看你是文科还是理科了，文科的话可能要求日语吧，理科的读博士不怎么要求日语的，
自己和导师联系吧
