其名称是不同的，比如自动化专业的研究生学术型成为控制理论与控制工程专业或者检测技术与自动化装置专业，但是专硕该专业称为控制工程专业，电力系统自动化专业的专硕交错电气工程，你要看清你所报专硕的专业名称，这在招生名路上说明的。
其他不同：
1.培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位，全日制专业型硕士是克服学术型硕士的弱点，国家新增的培养特定高层次专门人才。
2.招生考试不同
全日制学术型硕士招生考试是1月份的“统考”；
全日制专业型硕士的招生考试是1月份的“统考”；
在职专业型硕士的招生考试是参加10月份的联考（工商管理硕士等个别少数专业也可参加1月份“统考”）。
3.学制不同
从学制来说，全日制专业型硕士一般2~3年，其中不少于半年的实习期；而全日制学术型基本上以学习理论为主，学制一般为3~5年。而在校的主干课程基本上是完全一样，生活、学习与导师培养方式等等都没太大区别的。
4.文凭颁发不同
全日制学术型硕士同时颁发学位和学历证书。
全日制专业型硕士同时颁发学位和学历证书。
非全日制专业型硕士只颁发学位证书（工商管理硕士等个别少数专业除外）
5.认可度不同
全日制学术型硕士和全日制专业型硕士：社会对这样的毕业生的认可度非常高。
在职专业型硕士：社会对这样的毕业生的认可度低。
6.培养方向不同
根据中国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
学术硕士毕业后主要是去研究所搞研发工作，而专业硕士主要是进入企业发展，就业更灵活，发展空间更大。
6.培养方向
专业型硕士培养应用型和工程研究型人才；
学术型硕士是培养学术研究型人才。
7.招生条件
国家09年开始新增的全日制专业型硕士与GCT专业硕士不是同一个概念，全日制专业型硕士招生的条件与以往的全日制学术型硕士相同，没有要求工作经验，应届生可以报考。
