研究范围和侧重点不同，知识产权研究院侧重、专门研究知识产权；法学院研究范围比较广。
厦门大学知识产权研究院
厦门大学知识产权研究院是根据2008年5月国家知识产权局与福建省人民政府签订的《共同推进海峡西岸经济区知识产权发展合作议定书》和省部会商要点的精神，由厦门大学与福建省知识产权局共建成立的集科研、教学、国际交流与社会服务于一身的多功能、高层次的知识产权研究平台和人才培养基地。
厦门大学法学院
厦门大学是中国较早开办高等法学教育的院校之一。1926年6月，厦门大学设立了法科，下设法律学、政治学、经济学三系。1930年2月学校改科为院，法科改为法学院。尔后经历数次院系调整，目前的法学院是在原法律系的基础上组建而成。经过三十余年的发展，厦门大学法学院已汇集了一批优秀的中青年骨干教师，并形成了一支结构合理、实力雄厚、富有创新意识的学术梯队。在2005年、2009年教育部学位与研究生教育发展中心组织的法学学科评估中，厦门大学法学院的办学实力在全国法学院校中均排名第八。厦门大学法学院入选“卓越法律人才教育培养计划”，拥有应用型、复合型法律职业人才教育培养基地和涉外法律人才教育培养基地。
厦门大学知识产权研究院的法律硕士和法学院的法律硕士的区别是在报考时你的方向就确定了，就是知识产权方向，这里面具体又分了专利法，商标法，著作权法。知识产权是一个新兴的学科，如果非常喜欢这些方向那最好一开始就选报这个，法学院是开学后根据你选择的导师再确定你的方向。而且知识产权研究院和法学院共用一栋办公楼，平时上课也在一块，知识产权研究院师生比例和谐，除了和法学院的法硕一起上一些基础课外，我们还有自己的基础课，学生数少，上课效果也好，可以说研究院把所有的爱都给了我们。同时，知识产权法特别是专利法方向喜欢本科出身理工科背景的同学，今后择业可以从事专利代理，但这并不影响文科类学生报考和学习知识产权，因为知识产权研究院的法硕就相当于法学院刑法方向的法硕一样，只是方向不同，性质完全等同，希望对你有所帮助。
知识产权研究院固定了方向是知识产权法，法学院的法律硕士可以选择除了知识产权法之外的其他部门法方向！
